1989년 개정된 현행 국민투표법은 그 동안의 공직선거법, 주민투표법 등 관련법의 개선사항을 반영하지 못하고, 투표운동을 매우 제한적으로 허용하여 국민투표안에 대한 자유로운 의사 형성을 저해하고 있으며, 재외국민의 국민투표권 보장에 관한 규정이 마련되지 않아 위헌상태도 지속되고 있는 실정이다.  

중앙선관위는 이러한 문제점을 해소하기 위하여 개정의견을 마련하고, 전체 위원회의에서 심도 있는 논의를 거쳐 확정했다.

우선 국민의 참정권을 보장하고 투표참여를 확대하기 위하여 공직선거와 마찬가지로 재외·선상·사전투표제도를 도입했다.

말 또는 전화, 어깨띠 등 소품, 인터넷 홈페이지와 전자우편·문자메시지를 이용한 투표운동을 상시 허용하고, 정당 및 투표운동을 할 수 있는 단체 등의 대담·토론회와 정당의 방송·신문·인터넷 광고를 확대·신설하여 투표운동의 자유를 확대했다.

국민투표안에 대한 국민의 알 권리를 보장하기 위하여 선거방송토론위원회 주관 토론회를 신설하고, 정보제공의 실효성을 높이기 위해 선거관리위원회의 정보제공방법을 개선했다.

국민투표의 공정성 확보를 위해 공직선거법에 준하여 선거관리위원회가 국민투표법 위반행위에 대한 예방 및 단속활동을 할 수 있도록 하고, 투·개표 등에 관한 전반적인 절차를 정비했다.

중앙선관위가 제출한 국민투표법 개정의견의 주요 내용은 다음과 같다.

< 참정권 보장을 위한 투표제도 개선 >

○ 재외국민투표, 선상투표, 사전투표 제도 도입

○ 공직선거법에 준하여 투표권 보장 및 투표권 행사의무를 신설하고, 교통편의 제공 등 투표참여자 우대 조치를 위한 법적 근거 마련

< 투표운동의 자유 확대 >

○ 투표운동 시기 제한을 폐지하여 국민투표법에서 그 기간을 별도로 정한 경우 외에는 투표일을 제외하고 투표운동 상시 허용

※ 인터넷 홈페이지 또는 그 게시판·대화방 등에 글이나 동영상 등을 게시하거나, 전자우편 또는 문자메시지를 이용한 투표운동은 투표일에도 허용

○ 말 또는 전화, 어깨띠 등 소품을 이용한 투표운동은 투표일을 제외하고 상시 허용

○ 국가기관·공공기관 등 공직선거법에 따라 선거운동이 금지된 단체를 제외한 단체의 투표운동 허용

○ 국고보조금 지급 대상 정당의 방송시설 이용 연설 횟수 확대, 방송·신문·인터넷 광고 허용 및 국민투표일 공고일부터 투표일 전일까지 투표운동기구 설치 허용

○ 언론기관이나 투표운동 가능 단체의 경우 투표일 전일까지 옥내 대담·토론회 개최 허용

○ 국민투표일 공고일부터 투표일 전일까지 중앙선거방송토론위원회 주관 토론회 1회 이상 개최

※ 다만, 토론회에 참석하는 모든 정당이 국민투표에 부쳐진 사항에 대하여 같은 의견을 가진 경우에는 미개최

< 제한·금지되는 투표운동 >

○ 공무원 등의 지위를 이용한 투표운동을 금지하여 자유로운 의사결정 왜곡 방지

○ 시설물·인쇄물, 집회·행렬 등을 이용한 투표운동을 제한하여 과열 방지

○ 자동차·확성장치, 녹음기·녹화기, 호별방문 등을 이용한 투표운동을 금지하여 국민생활불편 최소화

< 국민투표의 공정성 확보 >

○ 공직선거법에 따라 선거운동을 할 수 없는 사람의 투표운동 금지

○ 위반행위 감시 및 국민투표 안내 등을 위해 선거관리위원회가 공정국민투표지원단 설치·운영

○ 선거관리위원회의 통신관련 국민투표법 위반행위 조사권 및 정보통신망을 이용한 불법게시물 삭제 등 신설

○ 과태료 부과·징수제도 신설